Le moulin du Prat a été considérablement remanié au fil du temps, répondant et s'adaptant à l'évolution des techniques de mouture. Tel qu'il apparaît dans sa configuration finale il était doté de deux roues à aubes. Une roue de fort diamètre (environ 4 mètres) disposée en pignon, et une autre de 5 mètres installée dans la chambre intérieure. Chacune de ces deux roues entraînait une ou deux paires de meules. Le principe de fonctionnement d'un moulin-mer consiste à retenir l'eau à marée haute après que celle-ci se soit introduite naturellement dans l'étang.
Cet étang est muni d'une porte "d'entrée" à deux battants (noc) qui s'ouvre "automatiquement" sous la poussée des eaux et se referme sans autre intervention humaine lorsque La marée est sur le point de redescendre. Il suffit alors au meunier d'attendre que la marée ait suffisamment "dénoyé" les roues pour que celui-ci relève la ou les deux vannes des coursiers et dirige ainsi les eaux à la vidange vers lesdites roues, entraînant de la sorte le mécanisme. La digue du Prat présente une forme de chapeau de gendarme.
On a cru un temps que cette disposition volontaire des constructeurs avait été pensée pour permettre une meilleure résistance à la poussée des eaux. En fait, un récent sondage dans la vase nous a permis de constater que le barrage à cet endroit s'appuie sur un rocher.